Brygger J. C. Jacobsen stiftede i 1876 Carlsbergfondet med det formål at støtte videnskaben. Efter bryggerens ønske blev fondet overdraget til Videnskabernes Selskab, som fik til opgave at vælge fondets bestyrelse. J. C. Jacobsen mente, at videnskabsfolk var "De Fremmeste i Danmark", og derfor var det dem, der bedst kunne varetage hans fond. 

Bestyrelsen har fem medlemmer, som alle er valgt af og blandt Videnskabernes Selskabs medlemmer.